Los sinápsidos, que incluyen los actuales mamíferos y una gran cantidad de formas fósiles relacionadas con ellos conocidos como "reptiles" mamiferoides, no deben clasificarse dentro de los reptiles, que en sentido estricto, incluyen solo anápsidos y diápsidos. Las aves quedan englobadas en el clado Dinosauria, junto a tiranosaurios y formas afines; nótese que el grupo actual más cercano filogenéticamente a las aves son los cocodrilos. Si se incluyen las aves, el grupo Reptilia (=Sauropsida) es monofilético.
Actualmente, se usa el término Sauropsida para designar la agrupación Anapsida + Diapsida; Sauropsida es sinónimo de Reptilia en sentido restrictivo (no incluyendo Synapsida); el antiguo concepto de Reptilia (Synapsida + Anapsida + Diápsida) tiende a abandonarse.
Según la sistemática cladística, los reptiles son parafiléticos, como puede comprobarse en el siguiente cladograma, basado en Tree of Life y muy simplificado.
Los reptiles en la sistemática clásica incluyen los siguientes órdenes extintos y existentes.
- Subclase Anapsida†
- Orden Mesosauria†
- Orden Millerosauria†
- Orden Procolophonomorpha†
- Orden Captorhinida†
- Subclase Synapsida
- Orden Therapsida (incluye los mamíferos)
- Orden Pelycosauria†
- Subclase Diapsida
- Orden Thalattosauria†
- Orden Younginiformes†
- Orden Araeoscelida†
- Orden Avicephala†
- Clado Pantestudines
- Orden Testudines (tortugas)
- Superorden Sauropterygia†
- Orden Placodontia†
- Orden Plesiosauria†
- Orden Nothosauroidea†
- Infraclase Ichthyosauromorpha†
- Orden Hupehsuchia†
- Superorden Ichthyopterygia†
- Orden Ichthyosauria†
- Orden Grippidia†
- Infraclase Lepidosauromorpha
- Orden Eolacertilia†
- Superorden Lepidosauria
- Orden Squamata (lagartos y serpientes)
- Orden Rhynchocephalia (tuátaras y formas fósiles relacionadas)
- Infraclase Archosauromorpha
- Orden Choristodera†
- Orden Rhynchosauria†
- Orden Protorosauria†
- Orden Prolacertiformes†
- Orden Trilophosauria†
- Clado Archosauria
- Orden Aetosauria†
- Orden Crocodilia (cocodrilos y formas fósiles relacionadas)
- Orden Rauisuchia†
- Orden Phytosauria†
- Orden Pterosauria†
- Superorden Dinosauria
- Orden Saurischia (incluye las aves)
- Orden Ornithischia†
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